古代称“三元”者有之，如旧科举制度中，列为乡试、会试、廷试。其中列为第一者分别为解元、会元、状元；又有在廷试中名列前三名者，谓之状元、榜眼、探花称“三元”，亦称“三鼎甲”。祀礼中举王德者，称天地人为三元；道家以天地水为“三元”；术家以六十甲子配九宫，第一甲子为上元，第二甲子为中元，第三甲子为下元，共一百八十年为“尽度”，又称“三元气运”。
古代的“奇门遁甲”安排尤详，其主线为“七十二候”计，每五日为一候（称一元），一气分上中下三元，再则有年月日时分三元。而《三元玄空真传》，基本是仿“天地人”与“三元气运”。但又有所不同，如“论父母子息”一节，他说：“三元大卦，分为天、人、地三元。每元卦含纳八山，四山阳，四山阴”。根据这一说法，八卦中每一卦含三个方位（圆周共二十四位算），并以八个中位为父母称天元，左右两位为子息，“顺时针转者为顺子”，称人元，“逆时针转者为逆子”，称地元。
由此，他又以八卦、干支的阴阳作自己的解释，如在“论罗经”一节所言：“河图”：天一生壬水，地六癸成之，则壬为阳，癸为阴。如一六共宗而居北……等。依此，他可以列出天干阴阳为：甲丙戊庚壬为阳，乙丁己辛癸为阴。这是比较合理的区分。而地支阴阳，他采用命理家所言的支中藏干，即“子午卯酉四正，子藏癸，午藏丁，卯藏乙，酉藏辛，四干皆阴也，对称亦合十也。寅申巳亥，寅藏甲丙，申藏庚壬戊，巳藏丙庚戊，亥藏壬甲戊，无一字非阳，亦无一字不合十也。若辰戌丑未，辰藏乙戊癸，戌藏辛丁戊，丑藏癸辛己，未藏丁己乙。以支论，辰原系阳土，与戊比和，丑未原系阴土，与己比和，然受乙癸丁及癸丁乙之分，便使之无力，而纳于阴中”。从这一划分来看，他不但回避了地支的生旺墓的关系，而且也违背了命理中的支藏规律。（事实上这个问题早有过争议，不予认可）。
