《南方周末》年终特刊登朱学勤《2004：传统文化思潮激起波澜》一文，批评杨振宁一方面参与签署呼吁弘扬中华文化的《甲申文化宣言》，另一方面又抨击源自《易经》的中国传统思维妨碍了近代科学在中国的萌芽，感叹道：“但谁也没有注意到，他的文化立场已经出现首尾不一，如此逻辑矛盾，出现在一个批评中国人逻辑思维不过关的著名学者身上，是说不过去的。”

　　能够单独发现一位伟大的理论物理学家的思维在一个月之内就出现自相矛盾，的确值得自豪。不过我怀疑朱学勤还没有细读《甲申文化宣言》就大发感叹了。该《宣言》只是推崇“中华文化注重人格、注重伦理、注重利他、注重和谐的东方品格和释放着和平信息的人文精神”这些它认为是优秀的内涵，并没有涵盖中华文化的所有方面，对“思维”、“科学”提都没提。它虽然呼吁弘扬中华文化，却并不认为中华文化尽善尽美、无可挑剔，反而声称：“当是时也，我们应当与时俱进，反思自己的传统文化，学习和吸收世界各国文化的优长，以发展中国的文化。”杨振宁参照西方逻辑体系对中国传统思维所做的批评，正属于“反思”、“学习”、“吸收”、“发展”，哪里有矛盾？

　　朱学勤推崇中国科学院自然科学史研究所前所长席泽宗对杨振宁观点的批评“平实而中肯”，认为不应该像通常认为的那样把欧洲产生而中国没有产生近代科学的原因(之一)归结为欧洲人继承了希腊文化，据说有相反的论证：“近代科学在欧洲是反对古希腊科学体系的结果，正是摆脱古希腊体系的束缚(亚里士多德物理体系、托勒密天体体系)，才诞生了近代自然科学的伽利略物理体系和哥白尼天体体系。近代数学的标志微积分，也是摆脱欧几里得几何学的结果。”