特别应该指出的是：《本义》在注释《周易》的过程中，对六十四卦卦爻之辞，不明白的就说不明白，对《彖》《象》《系辞》等，有疑问的就提出自己的疑问，如注《明夷》卦六四爻“入于左腹，获明夷之心，于出门庭”，《本义》曰：“此爻之义未详。”而不像程颐那样“人之手足皆以右为用 ……是左者，隐僻之所也”（《易传·明夷卦》注），作出此等牵强附会的解释。注《震》卦六二爻“震来厉，亿丧贝，跻于九陵。勿逐，七日行”，《本义》说：“‘亿’字未详。”并说：“‘九陵’‘七日’之象，则未详耳。”注《困》卦九四爻“来徐徐，困于金车，吝，有终”，《本义》说：“金车为九二，象未详。疑坎有轮象也。”注《小过》卦九四爻“无咎，弗过遇之”一句“未详孰是，当阙以俟知者”，注其《象》时，也说：“爻义未明，此亦当阙。”注《彖》《贲》之“贲亨”一句，《本义》曰：“‘亨’字疑衍。”注《彖》《渐》“渐之进也，女归吉也”一句，曰：“‘之’字疑衍或是‘渐’字。”注《象》《渐》“山上有木，君子以居贤德善俗”说：“二者皆当以‘渐’而进，疑‘贤’字衍。或‘善’下有脱字。”注《未济》卦初爻之《象》“濡其尾，亦不知极也”，《本义》曰：“‘极’字未详。考上下韵亦不叶，恐是‘敬’字，今且阙之。”
　　在注释《周易》时，《本义》这种“多闻阙疑，慎言其余”的求实态度，也是极为宝贵的。
　　同时，朱熹深知：《周易》原是一部古代筮书。因此，为了使自己的《本义》解能到恢复《周易》本义的作用，他除了在《本义》中讲了“明筮”外，又撰“筮仪”一篇，并在注释《周易》经文时，特别予以说明，想以此来正《周易》之本义。
　　如《本义》注《乾》卦辞“元亨利贞”四字，说：“此圣人所以作《易》，教人卜筮，而可以开物成务之精意，余卦仿此。”注《乾》卦初九爻“潜龙勿用”，《本义》曰：“凡遇《乾》而此爻变者，当观此象玩其占也。”注《乾》卦九五爻“飞龙在天，利见大人”时，《本义》曰：“占法与九二同。”注九三爻“君子终日乾乾”一句，说：“君子指占者而言。”在注其余各卦时，《本义》也多用“其象占如此”，“戒占者当如是”，“戒占者不可如是”等等，以此指示读者。