由于孔子开创的儒学在中国文化中产生的重要作用，并且由于孔子对《周易》承上启下的重要贡献，《周易》与孔子的关系就成为易学研究的重要组成部分。然而，正因为上述问题的存在，在孔子与《周易》的关系上同样产生了一系列问题。对《周易》和孔子的思想进行哲学反思后，可以把孔子与《周易》的关系概括为二个问题形式。第一个问题是：孔子是否研究过《周易》，《传》是否为孔子所作？如果认定《传》是孔子所作，那么，孔子给《易》作《传》要解决什么问题？第二个问题是：《周易》的《经》和《传》是否具有统一的思想理路、是否共同组成了《周易》的理论形式、是否共同承诺了《周易》的思想体系而不可分割，因此是否应进行《经》《传》合一的整体性研究；显然，两个问题形式表明，如果能够正确推定《周易》的思想体系，问题也就应刃而解了。因为对《周易》的思想形式而言，是否与孔子有关，只能在这样的理路中推定，即：只要承认传世本的《周易》是经过某位作者的作《传》使之与《经》合一，从而形成了《周易》的思想理论形式，那么，只要其思想形式在文献的整体统一性上证明作《传》解《经》代表的是孔子的思想而不属于其他学派，其思想理论贡献就只能归属于孔子。因此也就没有理由再把《周易》一分为二，进行《经》《传》分离的研究。因为《经》《传》分离的研究不但在形式上曲解了《周易》，而且也必然在本质上误解《周易》的思想体系。
　　对《周易》进行《经》《传》分离的研究，由研究者的价值取向所决定而未尝不可，但其研究结果与作《传》解《经》形成的思想体系显然已经风马牛不相及了。尽管《周易》的形成经历了一个先有《经》、再由孔子作《传》过程，但是，这决不表明《经》《传》分开的研究是科学的，恰恰相反，之所以孔子作《传》解《经》形成了《周易》的思想形式，正表明了孔子的思想体系和理论价值是在《经》《传》合一的形式中呈现的，所以，本质性的和全面性的推定《周易》的思想理论意义，必须在《经》《传》合一的形式中进行。仅仅对《经》的内容进行研究，无论是出于历史研究的需要或为推断《经》的卜筮性而论证，显然已经疏离了孔子作《传》解《经》所要达到的目的。把《经》《传》分离是以研究者的思想方法对《周易》进行的推定，其必然误解《周易》在《经》《传》合一的逻辑形式中推定的思想意义，也就必然误解孔子作《传》解《经》形成的《周易》思想体系。再者，如果没有经过孔子作《传》解《经》，恐怕我们也难以见到《周易》这一古今中外唯一的“奇”书了。所以，对作《传》解《经》形成的《周易》思想体系进行整体性研究，是把握孔子作《传》解《经》形成的《周易》思想体系、正确推定《周易》性质的唯一方法。反思表明，经孔子作《传》解《经》之后，《周易》是否形成了自恰统一的思想体系，是关健问题。然而对于后世的研究者而言，能否对作《传》解《经》的思想体系进行正确的解读，则是一个能否理解的问题，两个问题不能混为一谈，所以，不能因为不能正确解读作《传》解《经》的思想体系而否定《周易》的整体性从而进行肢解，这不但否定了孔子对易学的贡献，也失落了由孔子集大成于《周易》中的宝贵的文化资源。