1936年夏，天文台随校址迁移至广州市郊石碑重新建台。1938年广州沦陷后又随校西迁，于1941年迁至粤北乐昌县坪石镇，直至抗战结束后于1945年10月迁回广州。1947年数天系天文专业被划分出来单独成立天文系。据统计，从1933至1949年，天文专业毕业生共44名。其中毕业后从事天文工作的不到四分之一④。
　　齐鲁大学成立于1917年，是美国长老会于1864年所办的山东登州文会馆与其他一些学校合并而成。美国传教士在该校 天算系内建有天文台，装置有一架25厘米反射望远镜和一架10厘米折射望远镜。前者后因微动控制装置不灵而专供学生实习；后者用于太阳黑子观测，间作变星观测①。系内天文、算学不分组。建系之初只有两位教员，系主任王锡恩（1871—1932）毕业于登州文会馆，获齐鲁大学理科硕士学位，著有《实用天文学》、《绘图日食新算法》等多种天文以及其他数理等方面的著作②。1932年王锡恩去世后，系主任由英国浸礼会传教士菲利普斯（E.L.Phillips）兼任，并聘该系毕业生程廷芳（1911—1968）做观测工作。抗日战争期间，齐鲁大学迁至四川成都，天算系停课，天文仪器未装箱搬迁，程廷芳曾到天文台观测太阳黑子和星云。1945年8月，天算系复课，改称天文数学系，招生10余人。
　　1952年高等院校院系调整时，中山大学天文系与齐鲁大学天文数学系合并为南京大学天文系。
　　① 《国立中山大学天文台两月刊》，第1卷第1期，第4页，1930年。
　　② 张云：《国立中山大学天文台成立十周年概况》，《宇宙》第10卷第9—10期，第131页，1940年。
　　③ 邹仪新：《中山大学天文台参加万国经度测量报告》，《国立中山大学天文台两月刊》第5卷第2期，第39页，1934年。
　　④ 戴文赛、赵却民、易照华：《天文教育》，《十年来的中国科学——天文学，1949—1959》，第63页，中国科学院数学物理化学部编审。