其二，周敦颐以“动极而静、静极复动”的动静转化原理和“分阴分阳”。“阳变阴合”的阴阳互补原理来阐述阴阳动静互根思想，涉及到了阴阳矛盾双方的相互转化问题。“根”是根据，是原因。周敦颐把阳动阴静；阳变阴合的气动过程，看成是阴阳双方互为根据、互相作用的结果，用一种朴素的语言表达了阴阳动静双方互相排斥而又互相依存关系的存在。后来朱熹在解释这一思想时，又进一步说明：“动极而静，静极复动，一动一静，互为其根，命之所以流行而不已也；动而生阳，静而生阴，分阴分阳，两仪立矣，分之所以一定而不移也。盖太极者，本然之妙也；动静者，所乘之机也”（《太极图说》附解）。以为“分明分阳”虽为“一定而不移”，然而，阴阳动静“互为其根”，则是天道（“命”）流行不已的必然规律。宇宙万物就是在这种阴阳动静、互为其根的作用过程中形成、发展起来的。
　　周敦颐对他的阴阳动静“互为其根”思想还有一个新的发挥，说“动而元静，静而无动，物也。动而无动，静而无静，神也。动而无动，静而无静，非不动不静也。物则不通，神妙万物。水阴根阳，火阳根阴。五行阴阳，阴阳太极。四时运行，万物终始。混兮辟兮！其无穷兮！”（《通书·动静》）。
　　在这段话中，周敦颐明确地提出了阴阳动静双方的两个基本关系：一是讲“动而无静”、“静而无动”，以为就具体事物而言，运动与静止是应该互相区别。二是就变化神妙而言，是“动而无动，静而无静”，“非不动不静”，运动和静止又是互相联结，不可分割。这揭示了阴阳动静之间的排斥性和互补性的统一，从而把整个宇宙由太极而阴阳、而四时、而五行、而万物的过程，看成了阴阳五根、动静辟阖循环不已的发展过程。这样的一种宇宙发生理论，就引人了阴阳矛盾学说作为理论思维的依据了。