对于魏伯阳来说，乾坤二卦是领会天地阴阳变易法则的根本（乾坤易之门户），阴阳二气在交错过程中谁居于主动和支配位置，是由乾坤十二爻位的变化来代表的。如《参同契》47-48章曰：
　　昴毕之上,震出为征。阳气造端，初九潜龙，阳以三立，阴以八通，故三日震动，八日兑行。九二见龙，和平有明。三五德就，（）乾体乃成。九三夕惕，亏折神符。盛衰渐革，终返其初。巽继其统，固济操持。九四或跃，进退道危。艮主进止，不得逾时。二十三日，典守弦期；九五飞龙，天位加喜。六五（）坤承，结括终始。蕴养众子，世为类母。上九亢龙，战德于野。用九翩翩，为道规矩。阳气已讫，讫则复起。推情合性，转而相与。循据 睿玑，称降上下，周流六爻，难可察睹，故无常位，为易之宗祖。
　　朱熹释曰：
　　此再以纳甲言一月之火候也，又以乾六爻纳其间，以明阳气之消息……六五恐是廿六，字廿音入，即二十字，二十六日以后坤卦用事也。[22]
　　此处与13-15章意近。魏氏用乾卦之六卦爻以统摄六经卦体，用爻位的来往进退以释阴阳二气的潜盛衰绝。就爻与卦的关系言之，爻为体，卦为用。阴阳二爻的交错相索，代表着着天地阴阳二气的消长。如乾卦之内经卦三爻位的展开，从义理上代表着阳气的上升过程（阳息阴消），从拟象上代表着月形由生明、上弦而望。其外经卦三爻位的展开，则代表着阴气的下降过程（阳消阴息）和月形由生魄、下弦而晦。推之于炼丹，则是火候或运气如何符合阴阳的升降和月体的进退。魏氏所论述的十二消息卦，也是根据乾坤十二爻辰的变化而来的。从十二爻位结构（关系）中，可以领悟出阴阳二气相冲和时有不同的质量之变（消息盛衰）。由于天地之时令和月令乃顺应阴阳二气的盛衰而自然变化的，而炼丹火候的进退，与时令和月令的变化是一致的。总而言之，从爻位系统看，各爻位及爻位之间的关系虽是“不易”的，但从爻位之间的动态关系中却能含藏着阴阳二气的升降、流动以及盛衰变化。爻位结构实代表着宇宙的动态结构以及特定时空中的阴阳相消长关系。从自然系统看，由天、地、日、月所组成的正是宇宙的“不易”的结构（位），但这“不易”之中正含藏着“变易”，即因阴阳二气交错而导致的日月之升降变化。从炼丹的角度出发，由于“丹道与天地造化同途”，把握“不易”之理，就是要模拟宇宙的生成结构，并遵循其自我调整、转换法则，即阴阳消息法则（表现为日月的交替变化）进行烧炼。如炼还丹之鼎器应法象天地之象，丹药的匹配及放置应遵循阴阳五行的生克结构等。总之，《参同契》蕴涵着深刻的发展变化思想，闪烁着辨证的思维特征。