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遗传算法与易算算法(5)

时间:2006-05-07 23:09来源: 作者:李树菁 点击:
2、交配(crossover):从种群中随机地选择两两一组的双亲,分别随机地交换部分染色体,各自产生两个新染色体。? 3、变异(mutation):染色体按一定概率(一般很小)可随机地产生变异。? 遗传算法能够解决的问题不仅限于

  2、交配(crossover):从种群中随机地选择两两一组的双亲,分别随机地交换部分染色体,各自产生两个新染色体。?
  3、变异(mutation):染色体按一定概率(一般很小)可随机地产生变异。?
  遗传算法能够解决的问题不仅限于最优化问题,但无论哪种问题,都要解决两个关键问题:(1)必须能将问题的解答用一组二进制数码表示,即建立解答与二进制数码间的映射(mapping)关系。(2)定义一种对最佳解的定量量度,即适度函数。?
  四、自然DNA“计算机”的“硬件”与软件——象、数?
  算盘由木框、竹棍、算珠构成,其各类珠算口诀和规则是计算程序。算盘建立了一个珠算空间;易算卦爻,杭辛斋称之为卦材、爻材,相当于易算硬件,《系辞传》所论“八卦成列,象在其中矣”,是八卦空间。《序卦》所论相当于宏观程序。“蓍之德圆而神,卦之德方以智”等有关卦爻功能的论述,相当于基因染色体数的作用。?
  遗传算法所取法的自然DNA的“硬件”(象)经生物化学家多年进行的DNA结构分析的研究,相当 图1 DNA四种碱基糖环系统及其原子标准指数(暂略)于高分子结构式所表示的原子结构。[6]具体化到DNA,则是双链螺旋结构的形象。DNA的参数有化学边界距离(以旋转角度表示),边界角(两相邻化学边界间的夹角),扭力角(DNA螺旋的扭转角度,0~360°)。然而,前二者是常量。只有扭力角是时常变动的变量。遗传算法主要利用扭力角变量。今将遗传算法所取法的象数——碱基结构式及DNA中轴(只表示一个核苷酸单位)扭力角分布等叙述如下:?
  图1表示DNA四个碱基系统及其原子标准指数,图2(暂略)上部表示基本环,其扭力角为χ?i,其下表示糖环,其扭力角为P(i),γ?n(i),碱基系统的全过程是自由的,原则上沿单个化学边界“摆动”,就这样与DNA糖环连接起来。意即基本环与糖环沿公共边界而“摆动”。这种摆动可能是在传递信息。沿化学界面在糖环上的内循环扭力角χ在空间上受到制约,因为糖环需要闭合。已发现每一核苷酸单位都有八个主要结构参数:χ,ν?m,P,α,β,γ,ε,ζ(2),〖JP〗这八个参数都限制在一个有限的距离内,原则上,扭力角α,β,γ,ε,ζ(2)及χ位于0~360°之间;δ是中轴和糖环的一部分,这里把δ叫做ν?3,δ是一种冗余信息。P,ν?m距离可以推导出。典型的距离分别是150°~225°,25.0°~50.0°(距离用扭力角变化值表示)。如果DNA的8个结构参数已知,则排列位置已知的DNA,包括其中所含的N个核苷酸即可完全确定。?
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