思维方法逐渐偏离中道的最不幸结果是后期的程朱理学的兴起。朱熹理学强调“存天理，灭人欲”，重“理”不重“道”（道，可行的路，而不是天道、天理的道理的“道”），使传统的一分为三的思维方式受到严重破坏，产生以“理”束缚人的思想和创造行为的恶劣效果，严重阻碍了经济的发展。关于“理”与“气”的两分法思维，朱熹认为“未有天地之先，毕竟只有理在那里”，“形而上者，无形无影是此理；形而下者，有情有状是此器。”（《朱子语类》）与老子的“有物混成，先天地生”“人法地，地法天，天法道，道法自然 ”“形而上者谓之道，形而下者谓之器”的哲学论述相比较有了根本性的变异：以所谓的“理”取代作为形而上的“道”，以所谓的“理”取代先天地生的“自然”，成为独立的哲学范畴。一分为三的“天地人三才”论被一分为二的“理气”论所代替。朱熹说：“性者，人所受之天理；天道者，天理自然之本体，其实一理也。”（《〈论语〉集注》）性与天道是《论语》本有的，而理则是朱熹哲学的最基本范畴。朱熹将天理与性及天道相沟通，将三者视为“一理”，并认为“理与气是二物”，构成一对新的哲学基本范畴。形成了他所创造的中国式的一分为二的思维方式：“未有天地之先，毕竟也只是理。有此理，便有此天地；若无此理，便亦无天地，无人无物，都无该载了！有理，便有气流行，发育万物。”（《朱子语类》）“理”成了世界的本原。又说“所谓理与气，此决是二物。” （《朱熹集》）“有是理，便有是气。”“理未曾离乎气。”（《朱子语类》）“理”与“气”对立，构成了一分为二的理论框架。朱熹的理学终于在中国占据了正统的地位，开始了唯“理”是从，以“理”控制人们的思想，“以理杀人”的专制时代。而且其毒害一直延续至今而阴魂不散。占据了正统的地位的朱熹理学动摇中国哲学根基的直接结果，就是中国近代的衰落和民族的耻辱。